香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
唐朝唐隆年间，李隆基（马浚伟 饰）联同姑姑太平公主（陈炜 饰）发动政变，将蚕食法统的韦皇后（米雪 饰）就地正法，拥护相王李旦重回大统。看似重归平静的太极深宫，实则暗流涌动……朝堂之上，风云色变，李隆基与太平公主阵营分化，势成水火。深宫之中，妃嫔角力，王蓁（胡定欣 饰）与郑纯熙（周秀娜 饰）各自为营，尔虞我诈。有人因高权重位舍弃良心，亦有人为至亲至爱放弃一切。龙武军任三恕（马国明 饰）与何离（萧正楠 饰），女史元玥（刘心悠 饰）与甘若芊（黄心颖 饰），用其真情真性，为深宫缀上一笔浪漫……深宫禁苑，悬案丛生。抽丝剥茧后，揭露出一个个尘封多年的惊天秘密；太极之巅，波谲云诡，高墙掩映下，上演着一幕幕荡气回肠的爱恨情仇！
深水埗，香港最龍蛇混雜的地方，卻孕育出一股俠義情懷，成就一個現代傳奇。他經歷過死亡，心心念念，要傳承父親濟世為懷的人道精神，接受過西方教育，卻熱衷中國傳統的太極和射藝。他深信父親傳下來的活絡油，可以通經絡、治未病，身為中醫師，更矢志改變一般都市人對痛症只會濫用止痛藥的陋習，用現代化的方法包裝營銷家族藥油，不為金錢，只為宣揚一種理念，中藥油不比西方的止痛藥差，而且更安全，副作用更少。 為了進一步推廣中醫，他沒有停下來，活用中國第一部醫書《黃帝內經》醫學理論，無償救治一個又一個被西醫放棄的病人，治療各種奇難雜症，甚至冒險用上獨特的針灸方法，就算被推上風口浪尖也無畏無懼，只求為這些貧苦絕望的病人提供西醫外的另一個選擇，帶來希望⋯
叶朗（陈豪 饰）是时尚杂志《MODES》的总编，可是，又有谁会知道，这本在业内如同标杆一般存在的杂志，竟然也有过被迫停刊的遭遇。一场意外让叶朗注意到了名为张逸宁（蔡思贝 饰）的小小助理，来到编辑部，张逸宁才发现，这里和自己所想大相径庭，人人心怀鬼胎，明争暗斗从未停止。 范国邦（罗仲谦 饰）是张逸宁的直属上司，本是时装模特的他因为丑闻声望一落千丈，因此被经纪人发配到杂志社，成为编辑，希望他能够挽回名誉。《MODES》最强劲的对手《GINA》横空出世，使得叶朗在时尚界“教主”的地位受到了严重威胁，终被洪诗婷（吕慧仪 饰）取代，就在叶朗最落魄的时候，是范国邦和张逸宁站了出来，成为了他最坚实的后盾。
江枫和移花宫的花月奴私奔，在路上诞生一对双胞胎，单恋江枫的邀月宫主杀了二人，抢走一个婴儿花无缺（谢霆锋 饰）。燕南天抱着另一个孩子小鱼儿（张卫健 饰）逃至恶魔岛。十八年后，在移花宫长大的花无缺，对两位宫主唯令是从；而在恶魔岛十大恶人庇护下成人的小鱼儿精灵机智。武林盟主铁如云突然失踪，江别鹤（王伯昭 饰）在黄山召开盟主选举大会。小鱼儿为了身世之谜出岛；花无缺奉师命清理武林门派；铁如云之女铁心兰（范冰冰 饰）追踪父亲也来到黄山，三人不期而遇。心兰与花无缺一见钟情。而小鱼儿为救心兰，独身混入慕容府偷取“火灵芝”，邂逅了慕容爱女小仙女（柏雪 饰） 。东厂头目刘喜害死铁如云，栽赃于慕容并掳走小仙女，利用其灵气，修炼“吸功大法”。面对小仙女的惨死，小鱼儿悲痛欲绝，误闯毒王群英会，性命难保。鬼医之女苏樱（袁泉 饰）挺身救出小鱼儿，并以身相许…… 当了皇妃的江玉燕（杨雪 饰）无法忘情无缺，因爱生恨、嫉妒心起与父亲合谋，铲除所有异已，杀掉燕南天与心兰，转嫁于无缺和小鱼儿。花无缺与小鱼儿两兄弟从此茫茫江湖，生死相搏……
黄家岚（关咏荷 饰）十多年前留下儿子，独自出国深造。现在她又回到了阔别多年的香港。机缘巧合之下，家岚进入了言氏集团下属的形广告公司任职，恰巧她的儿子陆哲（蔡淇俊 饰）也在这里担任摄影师。陆哲并不知道黄家岚就是自己的母亲，他自小由奶奶伍恒（金燕玲 饰）带大，一直十分怨恨母亲当年抛下自己不顾而去。形广告公司各式各样奇尼古怪的人俱有，同事们演绎了一出十分多姿多彩的生活剧。
勇探高中正为了追捕“玫瑰连环杀手”。行动当日，儿子进星在街上巧遇正在埋伏的中正，中正为怕误了大事，把进星赶走，未料进星竟因此失踪，从此人间蒸发。妻子绮文因儿子失踪一事，决定和中正离婚。加上追捕杀手失败，遭上司怒斥他严重失职，中正受到连番打击，决离开警队。后来，中正开设私家侦探社。因为他身同感受，每接到寻人案件时都会特别拼命，寻回不少失踪人士，成为寻人专家。在童星寻父案中，中正认识了来自“演艺世家”的临记领班黎筱。原来两年前黎筱曾途经当日进星失踪的现场，更曾与进星接触。黎筱一片好意想带进星回家，却被进星摆脱。黎筱认为进星的失踪自己亦要负上责任，对中正感到内疚，但又不敢说出真相。黎筱惟不断介绍生意给中正，又利用自己的演戏天份，扮鬼扮马与侦探社众人一齐查案，可是笨手笨脚，反而越帮越忙在侦探社里，中正有三个手下，包括文启超、万大宝和林欣欣。启超是中正表弟，表面花fit臭口，其实感情重伤，不敢付出真爱，对大宝保持着欢喜冤家的关系。大宝是侦探社的Charles Angel，既漂亮又蛊惑。大宝擅长“放生电”向警察套料，正直兼戆直的差人官青云成为她的“索料”对象。大宝和青云因合作而擦出爱火。此时启超决定冲破心理障碍，向大宝展开追求，形成三人错爱关系。此时，黎筱查出进星与绮文住在澳门，更惊人发现是中正以前的警队好友国伟，和绮文因当年的一段婚外情，怀了进星。中正无法面对，幸得黎筱的开解，决定接受现实，把进星交回二人抚养。不料，此时绮文、国伟在意外中身亡，中正惟有收养进星。另一边厢，黎秋更告诉中正一个秘密，原来黎筱并非他的亲生女。当年黎筱昏迷山边，夫妇好心相救，黎筱醒后失去记忆，碰巧黎秋母小甜从金山回来误会黎筱就是自己的孙女，黎秋夫妇决定收养她。但此事黎筱一直被蒙在鼓里。中正和黎筱展开恋情，不料，中正发现黎筱打扮惹火在酒吧里与陌生男人打情骂俏，更对中正视如陌路，中正怒斥黎筱玩弄感情，愤然提出分手。黎筱莫名其妙，感到受到伤害。原来当中正在酒吧遇到的其实是黎筱的孖生姊姊莫慧姿。黎筱和慧姿四岁时意外跌进河里，两姐妹失散。慧姿展转成为老千，更被富商之子利用，进行不法勾当。后来，中正终寻回黎筱，却不知道她其实是慧姿，真正的黎筱在逃亡中遇到意外受伤，昏迷不醒。慧姿被中正感动，遂以黎筱的身份重过新生活，更与中正发展感情。但慧姿的心里却十分矛盾，是否从此取代妹妹的身份过活？真正的黎筱终于醒来，为报慧姿当年救命之恩，决牺牲自己让爱。中正发现有两个黎筱存在，终揭发她们是一对孪生姊妹。中正对二人都有刻骨铭心的经历，究竟他最爱是谁？
